肛管直肠周围脓肿有两大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为“原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿”简称“瘘管性脓肿”，较多见;一类与肛腺及肛瘘无关，称为“急性非肛腺性非瘘管性脓肿”，简称“非瘘管性脓肿”较少见。肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛管导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其它皮脂腺普通萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。
肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤外，由于原发病灶不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。一般单纯性肛瘘只有一个内口和一个外口，这类最多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生红肿，再将形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口。如此反复发作，便病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有一个内口与多个外口。但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要管道累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有一个外口及一个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。
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